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Ein Forscher inspiziert Fläschchen
Von El Gibson

Schnelle Sequenzierung

Öffentlichkeit auf Omicron aufmerksam gemacht nach schneller Entdeckung durch UNM-Wissenschaftler

Erkennung neuer COVID-19-Varianten, sobald sie sich ausbreiten ist eine gewaltige wissenschaftliche und logistische Herausforderung.

Aber dank zweier Wissenschaftler der University of New Mexico, die die Ausbreitung von SARS-CoV-2 (dem Virus, das COVID-19 verursacht) seit Beginn der Pandemie untersucht und verfolgt haben, wissen wir durch die genomische Überwachung, wann die Omicron-Variante zuerst auftauchte nach New Mexico gebracht.

Im Dezember 2021 Darrell L. Dinwiddie, PhD, und Daryl Domman, PhD, Co-Leiter des SARS-CoV-2-Genomüberwachungsprogramms am Health Sciences Center der University of New Mexico (unterstützt vom National Institute of General Medical Sciences) , entdeckte den ersten bekannten Fall der Omicron-Variante im Bundesstaat, was dann eine schnelle Reaktion des öffentlichen Gesundheitswesens ermöglichte.

 

Darrell Dinwiddie, PhD
Wir versuchen, Analysen ziemlich in Echtzeit durchzuführen, bei denen wir Proben erhalten und sie so schnell wie möglich für die Sequenzierung verarbeiten. Dann können wir den Gesundheitsbehörden und unseren Ärzten Informationen zur Verfügung stellen, da Richtlinien geändert werden können, wenn es eine leichter übertragbare Variante gibt.
- Darrell Dinwiddie, PhD

Innerhalb einer Woche, nachdem ein Patient im UNM-Krankenhaus positiv auf COVID-19 getestet wurde, stellte Dommans Labor, das die Analyse der SARS-CoV-2-Genomsequenzen durchführt, fest, dass es sich bei der Probe um die Omicron-Variante handelte.

Domman und Dinwiddie benachrichtigten sofort das Gesundheitsministerium von New Mexico (DOH). Am nächsten Tag konnte das DOH eine öffentliche Bekanntmachung veröffentlichen, dass Omicron im Bundesstaat angekommen war, und zu zusätzlichen Vorsichtsmaßnahmen ermutigen.

"Es war eine ziemlich schnelle Wende", sagte Dinwiddie.

Dinwiddie, Assistenzprofessor an der UNM-Abteilung für Pädiatrie, sagte, die Untersuchung und Verfolgung von SARS-CoV-2 und seinen Varianten sei auch bei der Überwachung der Wirksamkeit von Impfstoffen hilfreich gewesen.

„Wenn wir eine Verringerung des Schutzes geimpfter Personen feststellen, wenn ein neuer SARS-CoV-2-Stamm auftaucht, ist dies ein Hinweis darauf, dass ihre Immunität möglicherweise nachlässt“, sagte Dinwiddie. „Das kann von der CDC und der FDA verwendet werden, um zu sehen, ob sie einen weiteren Booster genehmigen müssen.“

Vor der Pandemie untersuchte Dinwiddie, Assistenzprofessorin in der Abteilung für Innere Medizin, andere Atemwegsviren mithilfe von Genomtests, und Dommans Schwerpunkt war die genomische Überwachung von Cholera auf globaler Ebene. Domman sagte, ihre Fachgebiete hätten gut ineinander gegriffen, als es an der Zeit war, ihren Fokus Anfang 2 auf das SARS-CoV-2020-Virus zu verlagern.

 

Daryl Dommann
Ich denke, wir haben wirklich komplementäre Fähigkeiten. Ich denke, für uns beide war es ein ziemlich einfacher Übergang, unsere Fähigkeiten auf SARS-CoV-2 anzuwenden, und deshalb konnten wir so schnell umschwenken und die Dinge in Gang bringen
- Daryl Dommann, PhD

„Ich denke, wir haben wirklich komplementäre Fähigkeiten“, sagte Domman. „Ich denke, für uns beide war es ein ziemlich einfacher Übergang, unsere Fähigkeiten auf SARS-CoV-2 anzuwenden, und deshalb konnten wir so schnell umschwenken und die Dinge in Gang bringen.“

Die beiden haben positive Proben für SARS-CoV-2 sowohl aus dem UNM-Krankenhaus als auch aus Krankenhäusern in ganz New Mexico sowie von einem großen Unternehmen für diagnostische Tests namens TriCore Reference Laboratories sequenziert.

„Das hat uns wirklich einen Einblick gegeben, wie das Virus in den Staat gebracht wurde und woher diese Infektionen kamen“, sagte Dinwiddie. „Dann könnten wir diejenigen verfolgen, die hereinkamen und zu einer Verbreitung in der Gemeinschaft führten.“

Während die USA in den letzten zwei Jahren bei der genomischen Detektivarbeit drastisch besser geworden sind, gibt es eine Sache, die sie verlangsamt hat: COVID-19-Tests zu Hause.

Natürlich überwiegen die Vorteile von Tests zu Hause die Nachteile, aber diese positiven Proben werden nicht in das Überwachungssystem eingespeist.

„Dies hat dramatische Auswirkungen, nicht nur für uns, sondern auch für die Fallzahlen“, sagte Domman. „In Bezug auf den Zugang zu Proben und das Verständnis dessen, was im Bundesstaat und auf regionaler und nationaler Ebene zirkuliert, ist dies definitiv ein Problem, das wir lösen müssen.“

Um dieses Problem zu bekämpfen, sagte Domman, dass ihre Bemühungen zusammen mit TriCore und dem DOH das Ziel für New Mexico seien, mindestens 5 % aller positiven Fälle in einem bestimmten Monat zu sequenzieren.

"Das ist eine ziemlich gute Basislinie", sagte er. „Auf dieser Ebene werden wir im Allgemeinen die Varianten und Untervarianten aufgreifen, die im ganzen Staat kursieren.“

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